Chrystal Soo Jung sinh ra tại San Francisco, California, Hoa Kỳ,[4] nơi gia đình cô định cư từ những năm 1980. Năm 2000, trong một lần cả gia đình trở về Hàn Quốc, Krystal được nhân viên của SM Entertainment phát hiện. Sau đó SM đã nhận thấy tiềm năng của Krystal nên đã đề nghị cô theo học thanh nhạc và vũ đạo, từ đó chọn lựa để chính thức đào tạo cô trong lĩnh vực ca hát. Tuy nhiên, lời đề nghị bị cha mẹ Krystal từ chối với lí do cô còn quá nhỏ. Thay vào đó, gia đình Krystal cho phép chị gái Jessica theo học tại SM Academy.

Năm 2000, cô góp mặt với một vai nhỏ cho MV ca nhạc Wedding March của nhóm nhạc nam Shinhwa.[5][6] Năm 2002, Krystal lần đầu tiên xuất hiện trong quảng cáo trà xanh Lotte Chaurin cùng với nữ diễn viên Han Ga-in.[7] Năm 2006, được sự cho phép của cha mẹ, Krystal đã tham gia các lớp học nhảy hip hop và jazz tại SM Academy.[8][9]

Krystal từng học tại trường quốc tế Korea Kent Foreign School từ bậc tiểu học đến trung học cơ sở.[10] Cô tốt nghiệp trường trung học Nghệ thuật Hanlim cùng với giải thưởng cống hiến vào ngày 7 tháng 2 năm 2013.[11] Krystal ghi danh tại Đại học Sungkyunkwan ngành Kịch nghệ cùng với người bạn Kang Jiyoung.[12]